המדרשה ממוקמת במושב קשת השוכן ברמת הגולן ומנציחה את זכרו של סמ"ר יונתן וודק הי"ד בן הרצליה, אשר נפל בגזרת קונייטרה, רמת הגולן, במלחמת יום הכיפורים. יוני אהב את החיים ואת הארץ וטייל בה ובעיקר אהב את הגולן.
משפחתו החליטה להנציח את זכרו ע"י הקמת גוף טיולים אשר יחנך לאותם ערכים של אהבת האדם והארץ כי "…טובה הארץ מאוד מאוד" ובשיתוף עם חברי מושב קשת אשר בער בהם הצורך להאהיב את ארץ ישראל בכלל ואת הגולן בפרט, הקימו את בית ספר שדה "קשת יהונתן" לימים – מדרשת " קשת יהונתן".
קשת יהונתן שוכנת ב"פארק לב הגולן", בלב אזור שופע מעיינות ונקודות עניין גולניות: נביעות טבעיות, תלים געשיים, תופעות טבע ייחודיות, סיפורי היסטוריה מהעת העתיקה ועד לימי ההתיישבות החדשה ובתחומו שתי שמורות טבע: הפחם ועיינות חושניה.
באזור נקודות עניין רבות אשר כמעט ולא מוכרות למטיילים בגולן, נקודות המספרות את הסיפור המיוחד של רמת הגולן ויוצרות פאזל הרמוני שקט של הגולן על רבדיו השונים.
בצפון המרחב, הכפר הצ'רקסי חושניה אשר בתחומו מעיינות, בארות, חורשות ובוסתנים. ריכוז גדול של מעיינות וחורשות המהוות בתי גידול ייחודיים לחי ולצומח מצוי בשמורת הפחם אשר בדרום הפארק. ממזרחו עובר שביל הגולן בין עדרי הבקר והמטעים הפזורים במרחב.